En 1969 se inaugura el actual Santuario, siendo bendecido el día 12 de abril por el entonces Obispo de Huelva D. José María García Lahiguera. Atrás quedaron cinco largos años en los que, tras la trascendente decisión adoptada el 31 de julio de 1961 por el Cabildo General de Hermanos de derribar la antigua Ermita, la Virgen fue venerada durante el tiempo que duraron las obras, en una capilla provisional construida al efecto.

El Santuario fue proyectado por los arquitectos D.Antonio Delgado Roig y D.Antonio Balbontín Orta.